Kiisa kui kohanime esmamainimine 1463.a. on seoses Kiisa taluga, antud
piirkonnas. 1499.a. ühinesid Tõdva – ja Saku mõis, nimeks sai Saku mõis. Saku
mõisa jõukad talud olid Kiisa ja Sikasarve talu, mis asusid Kiisa maadel. 1586. aastal on mainitud ka Sikasarve veskit. Saku mõisniku – Hull krahv Paul Eduard Rebinder ajal moodustati kahest jõukast talust (Kiisa ja Sikasarve) Kiisa karjamõis, 1921 aastal (Eesti Maareform 21.märtsil 1921.a.) Kiisa karjamõis võõrandati ja jagati talupoegadele. Kiisa küla on mainitud trükisõnas 1774.a. seoses talude jaotamisega mõisas. Kiisa küla nimistusse kuulusid toona 6 talu ja metsavahikoht 11 tiinu metsamaaga ning sikasarve saeveski. Mõisa kahest saeveskist asus üks Kiisal. 1866 moodustati Saku vald, mille koosseisu kuulus ka Kiisa, vallmaja asus koos kooliga Kajamaal. Peale valdade reformimist 1939.a. moodustati Tõdva vald, vallamaja asukohaga Kurtnas, Hageri Kihelkonnas.
1923 aastal asutasid Kiisa küla noored noorteseltsi ühistegemise arendamise
eesmärgil, millest hiljem kasvas välja Kiisa laulu-ja mänguselts. Nõukogude ajal
1945.a.moodustati Saku külanõukogu, mille administratiiv koosseisu kuulus ka Kiisa, keskusega Tõdval. 1954 aastal loodi Kurtna külanõukogu, keskus asukohaga Kiisal ja alates 1964.a. moodustati taas Saku külanõukogu, kuhu kuulus ka Kiisa. Seoses taasiseseisvumisega nimetati külanõukogu vallaks ja keskus asub Sakus
Kiisa on olnud paljude aastate vältel suvituskohaks Tallinna rahvale. Nii on siin puhanud tuntud isikud: peapiiskop Jaan Kiiviti vanemad, kirjanikepaar Laida Tigane – Elar Kuus, Diana ja Fred Klement. Palju on ehitatud suvemajasid, millest nüüd ehitatakse eramuid aastaringseks elamiseks. Kiisa on kasvanud arvestatavaks alevikuks, kus elanikkonna ja majandustegevuse oluline kasv tingib infrastruktuuri ekstensiivse arengu. Tuleb lõplikult lahendada tiheasustusala vee- ja kanalisatsiooniga varustamine. Keila jõgi on olnud Kiisal suvitajate meelis puhkekoht nii ujumiseks kui ka süstamatkadeks.
Kiisa Rahvamaja
1956. aastal asutatud Kiisa Rahvamaja tegevuspaigaks on kunagine Jaagu talu
(hoone ehitatud u 19.-20. sajandi vahetusel). Asutuse ülesanne on rahvakultuuri säilitamine, kohaliku kultuurielu edendamine, võimaluste pakkumine vaba aja sisustamiseks ja huvitegevuseks nii lastele, noortele kui täiskasvanutele. 2014. aastal alustati Kiisa Vaba Aja Keskuse ehitamist. Üheks asutuseks, kes selles majas endale uued ruumid saab, on ka Kiisa Rahvamaja.